Как установлен PyCharm (ОС, источник установки) и какая JRE используется (официальная или нет)?
Сталкивался с этой проблемой в Arch Linux, когда устанавливал PyCharm из пакета "pycharm-community-edition": из-за системной JRE не работал плагин превью Markdown. Проблема решилась переустановкой PyCharm из пакета aur/pycharm-community-jre.