У меня eclipse еще и не так чудит на Windows 8 (x64).
На Windows 7 было все нормально. Однажды вечером поставил себе Windows 8 Enterprise x64. Занимался в то время разработкой библиотеки под андроид. Была глубокая ночь, думай, импортну все проекты в eclipse и пойду спать. Имортнулись все, кроме библиотек (моей и actionbarsherlock). Думать было невмоготу, потому ушел спать. Утром начал разбираться и с ужасом увидел, что все файлы моей библиотеки на месте, но размер их 0 Кб. CVS я для этого проекта не использовал, потому что он менялся очень часто. Слава Dropbox, так как проект находился именно там. Я полез в веб-интерфейс и увидел, что да, «кто-то» изменил файлы в пол-первого ночи и все они сейчас по 0 Кб. Можно было бы руками их все восстановить к предыдущей версии (но их было >250), но, оказалось, Dropbox хранит кеш всех изменений за последние дни в скрытой папке и python-скриптом можно все откатить. Так я все и восстановил. Потом я еще дважды проделывал импорт-восстановление и убедился, что чудит именно eclipse. Больше туда ни ногой, перешел на Intelliji Idea.