Первым делом сделать бэкап, даже если делается - сделать еще один.
Потом перенести систему с железного сервера в виртуальную машину. И ее тоже забэкапить.
А потом уже на виртуальной машине производить эксперименты.
Я бы после вышеописанных действий удалил бы DC01, поднял новый второй кд на 2008 и переведя все роли на него удалил первый на 2003. Собственно я так и переводил свои кд на 2003 сервере.