Проверьте, не заведён ли у вас хост уже, как Standalone.
У меня vCenter заведён и все хосты, находящиеся в нём, заведены по-отдельности.
При добавлении ВМ в задание и поиске её по серверам, мне Veeam предлагает добавить её как члена vCenter или как члена конкретного хоста.
Никаких проблем, кишков и мяса, всё работает норм.