Назар Мокринский

Наверное, потому что Linux это только ядро. И оно монолитное.
Демоны это уже ОС, которая находится на более высоком уровне абстракции, а Linux там только часть системы.

PulseAudio поверх ALSA, если состояние по умолчанию без явных ухищрений.

Вот если бы вы ошибку с точность до буквы привели - цены бы вам не было.

Я бы порекомендовал переименовать папку с owncloud во что-то, удалить owncloud-server пакет и переименовать обратно.
К стати, понятия не имею как вы его так можете обновлять через встроенную систему, если права на файлы, проставляемые owncloud-server, не дадут вам ничего менять для того чтобы обновлять через менеджер пакетов.

Вот вам пример

Я бы вам для начала посоветовал ставить Nginx так:
apt-get install nginx
Правда проще чем компилировать? А его ещё и обновлять придется!
Теперь по поводу PHP 7: https://got-tty.org/debian-jessie-php-7-repository
То есть добавить один репозиторий (dotdeb достаточно известный и надежный), а потом:
apt-get install php7.0-fpm
Всё! И обновляться будет вместе с остальным софтом. Компилировать с исходников нужно только когда иначе никак или если вам нужны какие-то специфические настройки/патчи во время компиляции.
К тому же с пакетами у вас и сервисы пропишутся, и всё прочее.
Запускать потом так:

service nginx start
service php7.0-fpm start