Это делается совсем легко.
1. Выбери префаб и нажми 2 раза по нему. Ты попадешь в окно редактирования префаба
2.Обрати внимание на галочку сверху в окне настроек префаба. Некоторые ее по просту не замечают.
У меня так было когда с 18 на 19 переходил версию. Раньше не было такой надстройки автоматической.