я использую CryptSync , все файлы пакуются под пароль. Вся суть: есть 2 папки , одна зашифрованная (она и выгружается в облао) , вторая нет (в ней можно что угодно делать и даже не расшифровывать файлы) . Плюс способа в том что с облака можно скачать запакованный 7z и с помощью нашего пароля его открыть на любом пк , не нужен сторонний софт. А минусом является наличие 2 по сути одинаковых папок которые занимают в 2 раза больше места чем обычно.
Можно конечно и совместить , заливать файлы в облако и хранить только там , а некоторые файлы хранить на ПК , сейчас почти во всех клиентах есть функция выбора каких именно папок не скачивать и т.п