С некоторым ПО идет дополнительно и деинсталлятор (например антивирус Avast, или Little Snitch).
Но в основном народ пользуется специальными утилиты, которые подчищают все лишнее. Лучшее, что доводилось видеть - это CleanMyMac.
Вы используйте вместе. Консоль поможет запомнить команды, использовать возможности, которых нет в GUI. А GUI поможет увидеть репу, прочувствовать, так сказать.
