Сергей Мельников

$('.item li[rel="'+[thisItem]+'"]').stop()
$('.item li[rel!="'+[thisItem]+'"]').stop()

менять css через js - это зло
в вашем случае надо в зависимости от условия добавлять или удалять класс у .header, а стили будут применяться уже в зависимости от класса

<style>
.nav a{
  text-decoration: none;
  display: block;
  padding: 10px 30px;
  color: #fff;
  text-transform: uppercase;
}
.nav a:hover{
  color: #af3030;
}

.header {
  position: relative;
  background: #3f415c;
  height: 100px;
}
.nav {
  margin-top: 30px;
}
.nav a {
  color: #fff;
}
.left img {
  width: 60px;
}

.header.fixed {
  position: fixed;
  top: 0;
  background: #fff;
  height: 80px;
}
.fixed .nav {
  margin-top: 20px;
}
.fixed .nav a {
  color: #000;
}
.fixed .nav a:hover {
  color: #af3030;
}
.fixed .b1,
.fixed .b2 {
  display: none;
}
.fixed .left img {
  width: 40px;
}
</style>

<script>
$(function() {
  $(window).scroll(windowScrollHandler)
})
function windowScrollHandler() {
  if ($("body").scrollTop() > 80) {
    $(".header").addClass("fixed")
  } else {
    $(".header").removeClass("fixed")
  }
}
</script>

<script>
var backgrounds = [
  "#f00 url(images/backgrounds/img1.jpg) top center",
  "#0f0 url(images/backgrounds/img2.jpg) top center",
  "#00f url(images/backgrounds/img3.jpg) top center"
];
document.body.style.background = backgrounds[Math.floor(Math.random() * (backgrounds.length + 1))];
</script>

function loadScript(src) {
  var s = document.createElement('script')
  s.src = src
  document.body.appendChild(s)
}

// и дальше в нужном месте вызываем
loadScript('path/to/my/script.js');

// или по таймауту
setTimeout(function() { loadScript('path/to/my/script.js') }, 15000);