composer.json содержит зависимости вашего проекта от данных библиотек.
Но эти самые библиотеки могут содержать в себе другие зависимости, которые будут отражены в composer.lock (в composer.json, при этом, отражено не будет).
Т.е. то что скачиваются у вас пакеты, которых нет в composer.json - это нормально и от этого никак не уйти, потому что это необходимость.

Каких-то правил нет.

Обычно указывают:
1. Установка
2. Описание
3. Документация
4. Авторы
5. Лицензия

Ваш репозиторий - ваши правила, делайте как хотите.

$(`.pict${i}, .buy${i}`).fadeIn(300);

Лучше использовать готовые компоненты, типа vue-leaflet: vue 2, vue 3.
Иначе будут проблемы, типа проблем с реактивностью.

Метод toogleClass, который вы указали, не добавляет класс, а чередует их.

Если вам нужно разово удалить класс .class-to-temove и добавить класс .class-to-add, то можно сделать так:

$('#element').click(() => {
    $(this).removeClass('class-to-temove').addClass('class-to-add');
});

или так:

$('#element').click(() => {
    $(this).toggleClass('class-to-add class-to-remove');
});