сам попробовал наскоком изучить, получилось не очень хорошо, делали совместный проект, народ просил не пушить меня некоторое время код, а почему, я только месяц назад понял, когда шаг за шагом прочитал учебник по гиту
https://git-scm.com/book/ru/v2
по IDE, думаю во всех современных такая опция есть, я пользую IDEA
https://www.jetbrains.com/idea/ тут хорошо реализовано
после прочтения учебника использую пока только терминал
резюме: рекомендую потихоньку выучить основы по учебнику и затем совершенствоваться
в качестве бонуса: есть бесплатный хороший видео-курс
https://geekbrains.ru/courses/66
теперь собственно по сабжу: путем некоторых экспериментов с потерей и восстановлением кода пришел к такой последовательности:
открываем Terminal в нужной папке с проектом и затем вводим последовательно команды:
git init
git add --all
git commit -a -m 'first commit'
git remote add origin https://github.com/user/project.git !! поменять https на свой линк на репозиторий
git pull --rebase origin master
git push origin master
