Очевидно, что вы программист и можете написать простейшую программку на удобном вам языке, поэтому:
1. Устанавливаете Enigma VirtualBox
2. Скачиваете DosBox
3. Пишете exe файлик, который запускает DosBox с необходимыми параметрами, для запуска вашей порграммы
4. При помощи Enigma объединяете в один exe файл запускатель, DosBox и вашу прогу.
5. PROFIT! У вас получился один единственный exe файл. Причём, можно эмулировать реестр, системные папки и всякое разное.