Обклей жёсткие диски по периметру синей изолентой, она слегка погасит вибрации и не будет стучаться металл о металл. Крышку корпуса тоже можно по периметру обклеить, если корпус металлический. Звучит смешно, но реально помогает. Так же можно попробовать диск в другой слот прикрутить, изменятся собственные частоты вибрации корпуса и может стать потише. Или погромче.
Радиаторы почистить от пыли и снизить обороты кулеров. Возможно, придётся купить более мощную систему охлаждения (я так и сделал, потратил лишнюю тысячу, зато кулер выше 1000rpm ни разу раскручивался).