у нас в аутсорснице та же беда есть. Причем есть трекер свой, и есть упорковский. При этом у программиста есть своя виртуалка под каждый проект(ой, не спрашивайте зачем), и программист трекает по двум трекерам. Менеджер в конце недели еще и сводит время, потому что могут быть где-то разница. Программисты получают деньги по двум ставкам - одна по трекеру, вторая по бенчу. Итого, если он не трекал - то его ЗП будет на это время считаться по тарифу бенча.
Но тут есть и другая лажа, когда программисты просто крутят трекер.
А потом их зазывает софтсерв, и показывает что трекеров у них нет - то программисты с радостью туда, потому что отчеты в конце каждого дня писать не надо, трекер крутить не надо, сиди и делай как тебе удобно и когда удобно, главное чтоб был результат.
Короче, платите им по двум ставкам, и у них будет стимул крутить трекер.
Мне, кстати, Toggl нравится. Но у нас и свой есть, своя разработка внутрикорпоративная.