linoleum

Если элементы списка - inline-block'и, то дело в вертикальном выравнивании. Попробуйте поставить блокам vertical-align: top.

Смотрите.. в случае 2D вы используете cos для x и sin для y. Это правильно, но из-за этого у вас и путаница, потому что более строго это выглядит так:

x+=Math.cos(angleX)*speed;
y+=Math.cos(angleY)*speed; // да, тут тоже косинус, но угол другой

потому что мы не можем 'перемещать на угол', мы можем только перемещать вдоль вектора.
В случае 2D - это вектор {cos(angleX), cos(angleY)}.
В случае 3D - {cos(angleX), cos(angleY), cos(angleZ)},
где angle* - угол с соответствующей осью.
Почитайте про направляющие косинусы.

То есть, если отвечать на ваш вопрос 'как сюда приписать третью координату и третью ось', то найдите угол с осью Z и добавьте
z+=Math.cos(angleZ)*speed;

UPD Сейчас внимательнее посмотрел ваш код - у вас объявлена переменная angle2 - может быть это она и есть (угол с осью Z)? :) Тогда будет просто
z += Math.cos(angle2) * speed;

Во-первых - чем больше кода, тем больше ошибок. Во-вторых - такие селекторы гораздо дольше обрабатываются, почитайте о производительности селекторов frontender.info/writing-efficient-css-selectors/. В-третьих - в такой код сложнее вносить изменения, так как у селекторов будет высокая специфичность.
Как правило, селектор - это либо просто класс, либо класс + элемент, либо класс + элемент + состояние

.menu {}
.menu a {}
.menu a:hover {}

Длиннее делать не стоит.

Если картинка в background - то никак, ибо на flow она никак не влияет. Можно вложить картинку в блок отдельным элементом, тогда высота блока будет не меньше высоты картинки (если не указано обратное).

clearfix.. Трюк для очистки флоатов. Чтобы следующие элементы не обтекали данный.

Функции - это объекты, можно добавлять им свойства и методы как любому другому объекту.
В чем проблема?)

'!' указывает на то, что это не function declaration, а function expression. Тут важно показать интерпретатору, что эта функция входит в состав какого-то выражения, а не сама по себе.
вариант !function(){}() рабочий, так как здесь функция находится в составе выражения (отрицание). Лучше, конечно, использовать скобки (function () {} ())

Это что, загадка?)
Скрипт выведет 3 3 3 3, так как функции в массиве e будут через замыкание иметь доступ к переменной i, которая в момент вызова будет равна трем, в процессе выполнения ей присваивается ключ.