Итак для тех кто, так же как и я, не будет видеть "скрытых" include. Но будет думать, что они ДОЛЖНЫ быть по всей логике, ответ следующий: для сервера apache есть .htaccess (да еще и не один, а во многих папках) и там будут правила перенаправления запросов RewriteRule (или аналогичные, например, вот справка
https://httpd.apache.org/docs/2.4/howto/htaccess.html). Именно эти правила и могут вам помочь. В моем случае срабатывало правило
RewriteRule ^(Frameset|Journal|Objects|Reports)/(viewFooter|viewHeader|Structure|Operation)/$ index.php?mode=$1&action=$2
которое перенаправляло запросы вида /frameset/viewFooter на адрес /index.php с параметрами, а уже там был нужный include.