Если я правильно понял стуацию и вообще никаких репов нет, то делаем git init на локальной, пушим в реп initial commit со старой версией, делаем git clone на продакшене (в отдельную папку), копируем туда актуальный продакшен, пушим в реп, на локальной делаем пулл. Бонусом получаем коммит с различием старой (локальной) и новой (продакшен) версии.