сколько места оставить для самой ОС для комфортной ее работы?
Для минимальной конфигурации может быть достаточно и меньше 5ГБ, но можно запастись и сделать 7-15, даже 20ГБ.
С помощью LVM всё это всегда можно будет переиграть.
Стоит ли вообще разбивать диск?
Если задача этого не предполагает, то обычно в этом нет острой необходимости.
Это полезно, если Вы хотите избежать проблем в случае переполнения основного раздела. Переполнение не повлияет на работу /boot, если /boot будет жить в отдельном разделе, но это слегка усложняет обслуживание - придётся периодически вычищать старые ядра из /boot, чтобы освобождать там место, чтобы туда могли применяться новые обновления ядер.
Если ваш сервер будет обслуживать сайт, размещаемый на /var/www, и пользователи могут там генерировать свой контент или даже заливать большие файлы, то выделение его в отдельный раздел позволит не допустить проблем в других разделах из-за переполнения.
Если своевременно мониторить и то, и другое, в принципе можно жить и с одним разделом.
Как подсказывает
Ivan Bogachev , прекрасной идеей будет освоить LVM для более гибкого управления разделами.
И какой raid лучше программный или аппаратный в данном случае?
Про плюсы и минусы обоих
Ivan Bogachev уже привёл ссылку.
Скажу о своём опыте:
Программный mdraid работает отменно. Использую на очень многих проектах. Аппаратный может быть производительнее на совсем высоконагруженных проектах.