ky0

Первая ошибка - поставить окошки. Всё остальное как ком развилось из этого. Ставьте голую убунту, апачи-фигачи, что там вам надо - но не насилуйте сервер плясками с оконными менеджерами, рдп, внц и прочими совершенно лишними для него вещами.

Ссылки удаляются так же, как обычные файлы. Главное - не перепутайте ссылку с объектом, на который она ссылается.

man fstab, sync, swapoff, swapon

Ну, правильно - каталог чрута не должен быть доступен на запись пользователю. Верните, как было.

Заходите в корень, делаете du -hs *. Смотрите вывод, захотите в каталог, который много, на ваш взгляд, занимает, повторяете команду.

Ещё есть ncdu, она поудобнее, но нужно отдельно ставить.

P.S. - обычно первый подозреваемый садовник логи.