Погрепать руками access-логи (если это разовая задача), подключить какой-нибудь Goaccess (красиво, но не вполне гибко), если хочется гибкости - ELK и т. п.
Редиректы и отображение веб-сервером сайта от симлинков не зависит - только от конфига. Если файлы с его точки зрения лежат там же - поведение будет идентичным.
Всё зависит от конкретного пакета. По идее - все конфиги должны храниться в /etc и после purge удаляться - именно в этом же его смысл по сравнению с remove. Универсального рецепта нет, короче - только следить, в какие ещё каталоги гадит ПО.
Правильная настройка SSL на апаче заключается в том, чтобы не издеваться над старичком и поставить перед ним nginx, терминирующий шифрование. Следующий шаг - эвтаназия.
Я бы обратился к нескольким компаниям, для которых продажа лицензий MS - профильная деятельность. И сравнил ответы и стоимость. Консультируют они, особенно если счёт идёт на десятки и сотни - крайне охотно.
А в чём сложность? Прикручиваете к вашему сайту капчу, настраиваете, чтобы, например, без сессионной куки, которую сайт выдаёт только прошедшим капчу, содержимое не отдавалось, заруливаете в веб-сервере людей без куки на страницу авторизации.
Таким образом ботов блокировать бессмысленно. Те, которые честно про себя пишут в юзерагенте - обычно не запрашивают агрессивно и плюс-минус уважают то, что написано в robots.txt. Подавляющее большинство парсеров, которые фигачат как не в себя - притворяются обычными браузерами.