На самом деле, тут вопрос не совсем правильного использования терминов — VPN это Virtual Private Network, комплекс средств объединения сетей или подключения к удалённой сети. Он обычно включает в себя тот или иной туннельный протокол с шифрованием, но это, видимо, не то, что вы имеете в виду. =)
Для защищённой передачи данных используются различные туннели. Это и туннели на уровне приложений, например ssh, и протоколы, например ipsec, l2tp, pptp, и множество других. Есть ещё специализированные протоколы, такие как sftp, ftps, scp, bittorent c принудительным шифрованием и.т.п., которым не нужен отдельный туннель.
Поверх туннелей, могут использоваться различные протоколы передачи файлов. Например, может быть удобен rsync, о котором писали выше, и который обычно используют поверх ssh, а можно и без него. Можно использовать NetCat(nc) поверх того же ssh, или dump|restore. Можно использовать и любой другой софт, который умеет копировать файлы по сети, хоть ftp over ssh. =)
Тут выбор зависит от платформы и того, что надо копировать и как…
Простейшим решением, будет наверное sftp — и клиенты и серверы есть под многие платформы, просто развёртывается и настраивается. Например под Windows можно использоватьFileZilla + Filezilla server.
