Но на сервере всего 4Гб памяти.
Тоже работал с АНАЛогичным сервером,и базой в
90гб!
Как вы будете иметь доступ к таблицам категорий? Обычно франкейнштейномеркеры делают вспомогательную таблицу типа "category - category_tabe_name". Но учтите что для изъятия любого товара из базы, придется делать минимум два запроса.
Также нужно учесть фильтры по нескольким категориям, и для например 2 категорий будут два запроса для запрашивания таблиц, и два для запрашивания информации из таблиц + еще один для результатирования.
Гораздо проще докупить памяти, поднастроит кешировоание, добавить дополнительные индексы и всякую всячину.
----
и если вы все еще хотите делить по таблицам советую использовать стандартные инструмены мускула вроде "partitioning" который особенно полезен, и на хабре есть мануальчик по этому
https://habrahabr.ru/post/66151/