.bak не должен быть в репозитории
import_csv.php - говнокод.
1. Пароли надо хранить в конфиге вне репы.
2. А если кто-нибудь укажет
example.com/import_csv.php ? БД засрется
Все файлы cms надо хранить вне www.
Например, Modules/Food/Food.php
1. мало phpDoc
2. сохранять объекты в сессию - потенциальные проблемы
3. зачем $cart->setCity в saveCart()? Переменная $cart будет удалена при выходе из метода.
4. recountOrder не нужен. Вместо него - триггеры в БД
5. fixOrders не нужен. Вместо него - внешние ключи
В остальном вроде неплохо.