Борис Сёмов

Если у вас подключение через какой-то медленный туннель, возможно, надо увеличить connect_timeout в настройках mysql сервера.

Эта ошибка, практически наверняка, не связана с mysql.connector. Стоит попробовать сделать то же в консольном mysql клиенте и убедиться, что ошибка будет та же.

Вам нужно оба параметра limit в запросе использовать просто(смещение и количество), и увеличивать смещение каждый запрос), и не делать никаких условий по uid или timepub.
Собственно, ничего не отличается от постраничной навигации, в плане запросов, на самом-то деле. Меняется только форма вывода на фронтэнде...

У вас какая-то мешанина из $_POST и $_GET...
Откуда возьмётся id, если у вас POST запрос, вероятнее всего, а достать вы его пытаетесь из $_GET?
Есть-ли вообще в вашей форме скрытое поле id, которое вы заранее должны заполнить?

P.S. Ну и лучше, используйте PDO, а не mysqli.

PhpMyadmin можно настроить так, чтобы он работал не с локальным mysql а удалённым, если к нему есть прямой доступ.
Также можно, и даже куда лучше, использовать не phpmyadmin, а gui mysql клиенты, например, heidisql.
В частности, он может работать и через ssh туннели, так что mysql сервер может быть не только в локальной сети, но и на каком-нибудь удалённом сервере...

Совершенно не за чем хранить лишние блобы в базе. Увеличение базы уменьшит эффективность выборок/кеша/буферов и.т.п.
Достаточно хранить пути/имена файлов, а сами баннеры на диске.

8614:20180331:114050.632 [Z3001] connection to database 'zabbix' failed: [1045] Access denied for user 'zabbix'@'localhost' (using password: NO)

Здесь написано, что пароль не используется. Проверьте конфиг zabbix-server ещё раз...

Если для использования - есть различные VPN(например, openvpn), которые в частности следят и за целостностью туннеля, тут всё будет прозрачно.

Также есть возможность и штатными средствами mysql использовать шифрованные соединения (https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/encrypted-... но на практике этим редко пользуются.

Если для обслуживания/периодической работы, то ssh хороший вариант за счёт простоты - не требуется что-то специально настраивать и устанавливать. Но подключение/переподключение туннеля придётся контролировать либо в ручную, либо средствами клиента.

Дело в том, что процесс запущенный в контексте веб сервера имеет довольно короткий таймаут. И это на самом деле хорошо, просто работать с дампами базы, тем более большими через веб интерфейс, в принципе идея плохая.

Если есть возможность, воспользуйтесь, либо gui клиентом, типа heidisql через ssh тунель, либо консольным клиентом mysql через тот же ssh. И забудьте о всяких phpmyadmin, и прочих, ещё более убогих костылях, как о страшном сне

Чисто на всякий случай: А по полю sku у вас есть индекс? А то 8000 запросов это плохо, но 20 минут на на 8000 простых апдейтов, это подозрительно много!