Если для использования - есть различные VPN(например, openvpn), которые в частности следят и за целостностью туннеля, тут всё будет прозрачно.
Также есть возможность и штатными средствами mysql использовать шифрованные соединения (
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/encrypted-... но на практике этим редко пользуются.
Если для обслуживания/периодической работы, то ssh хороший вариант за счёт простоты - не требуется что-то специально настраивать и устанавливать. Но подключение/переподключение туннеля придётся контролировать либо в ручную, либо средствами клиента.