По какой причине выдается 404 ошибка при получение letsencrypt сертификата?

По-умолчанию таймаут соединения 60 секунд. Такой запрос отработает мгновенно, если это не произошло, на бэкенде, к которому обращается сервер, что-то не так настроено. Возможно дело в фаирволе.

По какой причине выдается 404 ошибка при получение letsencrypt сертификата?

worker_rlimit_nofile сделай равным worker_connections умноженное на количество процессов Nginx и умноженное на два.
И в limits.conf впиши это же значение.

Как лучше восстановить удаленные файлы (btrfs)?

Повезло, ничего не скажешь.

По какой причине выдается 404 ошибка при получение letsencrypt сертификата?

Разумеется это неверный адрес http://*.*.18.189:80/opt/www/acme/.well-known/555.txt
Верный выглядит так http://*.*.18.189:80/.well-known/555.txt

А чтобы снять ограничение на количество открытых файлов выполни:

mkdir -p /etc/systemd/system/nginx.service.d

cat > /etc/systemd/system/nginx.service.d/limits.conf <<EOF
[Service]
LimitNOFILE=19454
EOF

systemctl daemon-reload

systemctl restart nginx.service

Как лучше восстановить удаленные файлы (btrfs)?

Полагал, что стираю копию данных.

Таким образом копия осталась?

По какой причине выдается 404 ошибка при получение letsencrypt сертификата?

Что в error.log?

По какой причине выдается 404 ошибка при получение letsencrypt сертификата?

location /.well-known/acme-challenge {root /opt/www/acme;}

Замени на

location /.well-known/acme-challenge/ {alias /opt/www/acme/.well-known/acme-challenge/;}

Возможно ли собрать python скрипт со всеми зависимостями в один файл?

Docker в Windows штука ресурсоёмкая, так как приходится запускать Linux в виртуальной машине, собственно на эту виртуальную машину и уходят ресурсы.
В нативной среде Docker вовсе не ресурсоёмок.

Вообще так говорить не корректно, поскольку Docker - это, грубо говоря, набор утилит, которые позволяют изолировать приложение от хостовой системы, по средствам технологий встроенных в ядро Linux, а именно namespace и croups. Того же эффекта можно добиться и без Docker...

Таким образом, вся ресурсоёмкость, это накладные расходы на изоляцию процесса и они минимальны.

Как уменьшеть размер lvm и перенести данные?

Если на этом томе не размещены файлы системы, то его можно отмонтировать и произвести все операции налету.

Как настроить подкаталог на apache с использованием реверс-прокси?

Как выглядят пути к CSS и картинкам сейчас? В пути присутствует location /nextcloud/?
Как должны выглядеть пути на самом деле?

Как настроить подкаталог на apache с использованием реверс-прокси?

Это единственный виртуальный хост на этом сервере? Больше в конфиге ничего нет?
И убери ProxyPreserveHost - он здесь не нужен в таком виде.

Если просто открыть http://XXX.XXX.XX.13/ (прямо в от так по IP) открывается интерфейс NextCloud?

Как настроить подкаталог на apache с использованием реверс-прокси?

Там в инструкции всё правильно написано. Что конкретно у тебя не получилось?
И покажи конфиг.

Пропадает интернет на ubuntu после пары часов работы, в чем может быть проблема?

philphil, зря конечно картинкой, прикрепляй всегда текст в виде текста, а то не видно же ничего.

В общем я разглядел что, нет IP, нет дефолтного маршрута - могу предположить, что криво настроен DHCP сервер. Попробуй увеличить время аренды для начала.

Соединение с mysql на другом сервере из docker?

Я умею читать и мой ответ не изменился.

Как установить python3 и pip3?

shell_guy, README ты не почитал. А там ведь написано, что надо добавить в ~/.bashrc

Если в образе будут присутствовать все необходимые зависимости. конечно проблем не будет.

Почему nginx не корректно воспроизводит маршрут?

Ты перепутал причину и следствие.

Пропадает интернет на ubuntu после пары часов работы, в чем может быть проблема?

Когда опять сломается введи в консоли:

ip a
ip r
ip l
ip ne

И прикрепи вывод к вопросу, тогда и посмотрим, а так причин может быть 1 000 000

Как можно скопировать сайт на локальный пк с сервера?

Тип HDD никак не влияет на выбор версии rsync.
Google говорит, что есть какой-то cwRsync для Windows.

Как можно скопировать сайт на локальный пк с сервера?

Да, надо ставить какой то клиент rsync для windows.

Кстати SFTP встроен в SSHD так что дополнительно устанавливать ничего не надо.

Почему меня редиректит nginx?

Конфиг-то покажи.
Как иначе узнать, что ты там написал?