На каждой итерации цикла for вы сравниваете строку number со списком result и строку letter со списком result, что странно. Задайте себе вопрос: может ли буква равняться списку букв? Это совершенно разные типы данных.
Инпуты не надо оборачивать в str, т.к. input и так возвращает всегда значение типа str.
Исправленный и более удобный вариант:
def count_letters(text, letters):
letter_counters = [0 for _ in range(len(letters))]
for current_letter in text:
for index, letter in enumerate(letters):
if current_letter == letter:
letter_counters[index] += 1
return letter_counters
text = input('Текст: ')
number = input('Какую цифру ищем: ')
letter = input('Какую букву ищем: ')
number_count, letter_count = count_letters(text, (number, letter))
print('Количество цифр', number, ':', number_count)
print('Количество букв', letter, ':', letter_count)