ssh user@example.com /path/to/scriptХороший принцип - принцип отделения кода от данных и всего этого вместе - от представления. Если хочется чего-то серьезного (а раз вы задаетесь вопросом быстродействия include, то на это похоже), отделите представление (html) от кода (php). Соединяться они имеют право только в скомпилированных шаблонах. Отвечая на вопрос - include очень быстр. Если вдруг, по какой-то неведомой мне причине, вам не хватит быстродействия, надо копать в сторону APC. Ну или бросить шаред хостинг и арендовать VPS.