jcmvbkbc

можно ли ее как-то улучшить

Зависит от того, что считать улучшением.
По размеру кода -- вряд ли можно улучшить существенно.
По скорости -- можно, если загружать данные из памяти выравненными словами и раскрутить цикл.
По простоте -- можно существенно улучшить, переписав её на С или вообще воспользовавшись готовой реализацией.

при компиляции флаг из реестра не удаляется. В чем может быть проблема?

В том, что ты засунул бинарный код в параметр функции, в котором должна быть строка с именем программы для запуска и её параметрами. Непонятно, почему ты ожидаешь, что WinExec бросится выполнять машинный код в этой строке. WinExec имеет код возврата, который недвусмысленно тебе сказал бы в чём ошибка (путь или файл для запуска не найдены), если бы ты его проверил.
И, кстати, байт с кодом 0 по смещению 0x246 -- это тоже часть шелл-кода, терминатор командной строки.

Байты из зеленой области, как я понял, это информация линкера golink. Так ли это?

Это заголовок файла формата PE. Да, его туда записал линкер. Нет, это не информация линкера, это информация в основном для загрузчика ОС, а так же для дизассемблера и прочих binutils.

Вот он же тебе пишет возможный вариант решения:

You can set the 'receive.denyCurrentBranch' configuration variable
to 'ignore' or 'warn' in the remote repository to allow pushing into
its current branch

Зайди на свой удалённый сервер и в этот репозиторий в .git/config добавь

[receive]
denyCurrentBranch = ignore

А если соберёшься работать с вычекнутой веткой на удалённом сервере -- не забудь сделать git reset --hard перед началом, чтобы синхронизировать рабочий каталог.

Есть ветка и три коммита в ней AAA-BBB-CCC...
Далее были сделаны правки, но их надо применить к коммиту BBB

git commit -a -m fixes
git rebase -i AAA

перенести fixes после BBB, заменить pick перед fixes на fix.

Всё то же самое, но автоматически:

git commit -a --fixup BBB
git rebase --autosquash AAA

int **matrix = (int**)malloc(matrix_size * sizeof(int));

Должно стать

int **matrix = (int**)malloc(matrix_size * sizeof(int *));

потому что ты выделяешь массив указателей, а не массив целых чисел, а sizeof(int) вполне может быть не равно sizeof(int *).

for (int i = 0; i < matrix_size; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < matrix_size; ++j)
        {
            if(i > j)
            {
                arr[i] = matrix[i][j];
            }
        }
    }

Должно стать

counter = 0;
    for (int i = 0; i < matrix_size; ++i)
    {
        for (int j = 0; j < matrix_size; ++j)
        {
            if(i > j)
            {
                arr[counter++] = matrix[i][j];
            }
        }
    }

потому что иначе все элементы находящиеся в одной строке matrix ты складываешь в один и тот же элемент массива arr.

Почему я не могу убрать скобки, или ещё что-нибудь, и написать так, как мне хочется. В общем, где все это определено?

Это определено спецификацией языка на котором вы пишете. Среди прочего она определяет грамматику языка (т.е. как можно писать) и семантику языковых конструкций (т.е. что написанное так или иначе обозначает).

Как пройтись циклом по этим парам в bash?

Например так:

for INPUT in input*.txt ; do
  OUTPUT=output${INPUT#input}
  ...
done

Как в этом случае заставить функцию GreatherThanN увидеть это самое N?

Если функции нужен контекст, то вместо функции можно использовать функциональный объект -- объект класса с оператором ():

class GreaterThanN {
    int N;
public:
    GreaterThanN(int _N): N(_N)
    {
    }
    bool operator ()(int x) const
    {
        if (x > N)
            return true;
        return false;
    }
};

int N = 5;
count_if(begin(v), end(v), GreatherThanN(N));

Я смотрю сюда, и сдаётся мне, что начало инициализации sockaddr_in в твоём коде должна выглядеть так:

mov byte [sockaddr_in + 0], AF_INET ; sin_family
mov byte [sockaddr_in + 2], 0 ; sin_port[0] это старший байт sin_port
mov byte [sockaddr_in + 3], 80 ; sin_port[1] а это младший

Т.е. перепутана endianness sin_family и sin_port. sin_addr вроде нормально выглядит.

Фактически, по адресу 0x0060 лежит какой-то мусор, который никак не относится к тому, что я туда хотел положить.

Откуда взялся адрес 0x0060 и как вы поняли что там лежит?

TL;DR: код копирующий данные из FLASH в SRAM и обнуляющий .bss не линкуется по умолчанию. gcc вставляет ссылку на неопределённые символы __do_copy_data и __do_clear_bss в каждую единицу трансляции, в которой определяются объекты в секции .data и .bss соответственно. В написанных руками ассемблерных файлах их можно упомянуть явно.

ума не приложу, почему размер void _stdcall foo(short a, short b); параметров равен 8

Потому что аргументы размером меньше 4 байт расширяются до 4 байт. См.

Как выяснилось, стек растет не только на 4 байта, а на 2.

То, что в стек физически можно положить 2 байта (а можно ведь и 1, и 3 -- sub $imm, %esp) не означает, что это следует делать. См:

The stack will always be maintained 16-byte aligned, except within
the prolog (for example, after the return address is pushed), and except where
indicated in Function Types for a certain class of frame functions

Для венды на x86 я такого описания на том же сайте не нашёл, но точно выравнивание должно быть не меньше 4.

Я не знаю, можно ли такого уровня детали найти для современных процессоров, а вот для i80386 в спецификации, в разделе 5.3.6 легко можно видеть, что невыравненный доступ к памяти занимает два цикла, вместо одного.
За пределами мира x86 многие процессоры вообще не поддерживают доступ к невыравненным данным на аппаратном уровне.

что надо учить чтоб уметь создавать оконные програмы?

Конечные автоматы. После этого -- немного многопоточности. После этого не составит труда разобраться и использовать любой GUI API.

Почему не отобразился текст параметра? Тип же верен.

Потому что недостаточно просто поменять тип параметра функции. Нужно ещё поменять то как она вызывается.
В венде для этого есть другое имя для main -- wmain.

как это "длина числа в битах", что нужно делать чтобы ее определить.

Это количество бит необходимых для записи числа.
Нужно взять следующее бОльшее целое число после логарифма числа по основанию 2. Т.е. 1 -- 1 бит, 2 -- 2 бита, 3 -- 2 бита, 4 -- 3 бита... 1023 -- 10 битов, 1024 -- 11 битов... 179,769,313,486,231,590,772,930,...,304,835,356,329,624,224,137,215 (309 цифр) -- 1024 бита, 179,769,313,486,231,590,772,930,...,304,835,356,329,624,224,137,216 -- 1025 битов...