Может у кого-то есть подобный опыт как обеспечить более-менее надежность подобных систем?
Здесь вопрос даже не к raspberry, а вообщем к системам на базе Linux (и не только)
Как раз относится и к расберри. Флешки, какие бы они не были, ненадежны.
1) Для начала городите любое гарантированное питание.
2) На серверах неспроста используется ЕСС память, поэтому даже в случае сферического "хорошо" в вакуме ошибки имеют место быть.
3) Выносите БД на другое хранилище.
Для надежности в целом:
1) Используйте f2fs вместо ext3\4.
2) Переводите корневой \ раздел в режим только чтение
3) БД храните отдельно от системы. Подключенный по usb hdd\ssd. Смонтировать по сети из более нажедного источника.
4) Можно заморочиться с оверлееями. Условно каталог с БД кинуть в оверлей где верхний уровень будет в tmpfs а нижний на флешке. Запускать раз в N часов\сутки слияние из верхнего в нижний уровень.
Как надежное питание можно использовать powerbank или даже обычный бесперебойник. Плюсом последнего будет то что его можно будет подцепить к малине и смотреть сколько заряда, какое состояние и принимать меры если питание перешло на батарею. Т.е. в вашем случае к примеру как по пункту 4 запускать слияние.