Всю эту художественную самодеятельность надо из поста убрать,а привести ровно две картинки:
1. Код создания таблицы с книгами
2. список настроек mysql. Искать часы надо не под фонарем, а там где потерял. Если тормозит БД, то привдить надо настройки базы данных, а не веб-сервера
От "всяких" иньекций защититься невозможно в принципе.
Защититься можно только от конкретных.
Определитесь, от каких вы хотите.
после этого задайте вопрос в интернете, защищает ли CIBlockElement::update от такой инъекции.