В интернетах многие используют PHP, но говорят, что он уже немного устарел, да и мне не особо приходилось сталкиваться с них. Хотелось бы использовать в данной разработке что-то более актуальное.
Вероятно про устарелость пыхи говорят люди, с ним не работающие. Так уж получается, что php вне конкуренции, абсолютная часть сайтов на нем, особенно это касается интернет магаинов.
Много видела советов использовать WordPress, но для данной задачи я его не рассматриваю, тк читала, что будет сильная привязка к его модулям и в случае кастомизации сайта будут ограничения.
Вывод верный, но причина - не совсем. Целевое назначение WP - это бложик.
Также возникли вопросы относительно того, как лучше получать ssl сертификат и сделать защищённое соединение на своём сайте, что лучше использовать для данной цели?
Хотите - покупаете у любого доменного регистратора, не хотите - юзаете let's encrypt
Надо ли CMS всегда подключать для интернет магазина, чтобы удобнее администрировать?
Вам так, или иначе потребуется некая панель управления, хотите на CMS - юзайте на CMS, хотите собственную - пишите собственну. В первом случае вы ограничены возможностями CMS, во втором - фреймворком.
Если да, то какие можете посоветовать?
Как ни странно, для электронного магазина, как правило, лучше использовать электронный магазин, ваш К.О. Взгляните на PrestaShop например. OpenCart люто не рекомендую из-за качества кода и плагинов. Можете посмотреть Magento, но будьте готовы в него инвестировать много времени.
какой хостинг и домен лучше выбрать для такого небольшого интернет магазина?
Хостинг - в зависимости от предполагаемых нагрузок и способа их обработки, тут слишком много факторов. "Небольшой интернет магазин" - это очень так себе определение. Домен - выбирайте свободный, занятый стоит дороже))
Что касается в принципе выбора стека - используйте то, что знаете, или то, что близко к тому, что знаете.