Работа системы с флешки - сплошное мучение, от дистибутива не зависит. Тормоза жуткие. И флешки кончаются быстро. А с 2-гиговой и пытаться нечего в виду её возраста.
Если уж нужна переносная/временная система - смотрите в сторону внешних HDD/SSD. Там и вопрос размер уже не стоит.
Периодически цепляю HDD c установленными Линуксами (Debian, Ubunu, Centos) к разным системникам - никогда никаких проблем. Разве что имена сетевых интерфейсов править иногда приходится.
VestaCP при установке создаёт пользователя admin и далее действует через sudo и этого пользователя. Рутовый пароль для этого нужен лишь один раз, при установке.
Установить x2go-server на одной, x2go-client на другой. Дальше там всё интуитивно понятно. Только надо подбирать настройки, адекватно скорости соединения.
Есть смысл всё размещать в контейнерах (виртуальных машинах), а на самом сервере только минимальная система. Виртуалки легко бекапятся, переносятся и восстанавливаются потом.
Не сотрутся, проверено лично. Попробуйте сами для уверенности, удаляя с сервера какие-нить файлы, а потом синхронизируйте и убедитесь, что в бекапе они остались.