0644, для папок 0755- нормально для НЕсекретной информации, такой как страницы сайта.
Самая большая проблема не накосячить с корпусом- для второго сервера корпус взяли IN WIN EC030 (вариант EC030BL - то же самое без блока питания), а для первого - какой-то голимый noname (да и пофиг всем, сервер от этого не стал работать хуже).
Вам нужны "хорошие теоретические знания" не по BIOS'у, а по стандартному железу ПК - какие в принципе могут быть параметры\характеристики\функции\опции у процессора, чипсета, оперативки, sata-контроллера, com-портов, usb-контроллера,... что там ещё...
Всё это может через BIOS смотреться и настраиваться. Все "знания по биосу" сводятся к тому, что вы видите знакомые обозначения, и понимаете, что это за параметр, и почему его надо или не надо поменять.