И запрос поправьте.

Функция ПолучитьЦены(Контрагент, Товар)
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
    	|	ЦеныКонтрагента.Цена КАК Цена
    	|ИЗ
    	|	Справочник.Контрагенты.Цены КАК ЦеныКонтрагента
        |ГДЕ
    	|	ЦеныКонтрагента.Ссылка = &Контрагент
    	|	И ЦеныКонтрагента.Товар = &Товар";
  Запрос.УстановитьПараметр("Контрагент", Контрагент);
  Запрос.УстановитьПараметр("Товар", Товар);
  Результат = Запрос.Выполнить().Выбрать().Следующий(); 	
  Возврат Результат.Цена;
КонецФункции

Все зависит от уровня вмешательства в стандартную конфу. Дополнительные объекты, не затрагивающие код и структуру стандартных "обновляемость" не затрудняет. Если же необходимо менять структуру и алгоритмы обработки - разделите базы. Синхронизируется через OLE, xml или csv - зависит от объёмов и структуры. И да, учёт в "отчетной" базе обычно ведётся по синтетике, так что со справочниками проблем не возникает.

"Ограничение доступа к данным" во вкладке "Права" - это реализация механизма RLS (ограничение прав на уровне записей). Там можно настроить доступ к отдельным элементам (записям) таблицы документа или справочника. Т.е. не к отдельным реквизитам документа, а к отдельным документам, отобранным в запросе.

Вам можно просто использовать РольДоступна("МояРоль") в событие формы "При открытии" для управления доступностью отдельных элементов формы, где "МояРоль" - это роль, которой вы хотите дать право доступа к реквизитам.

Процедура ПриОткрытии()
	
	ЭлементыФормы.Реквизит1.Доступность = РольДоступна("МояРоль");
	ЭлементыФормы.Реквизит2.Доступность = РольДоступна("МояРоль");
	////////
	ЭлементыФормы.Реквизит10.Доступность = РольДоступна("МояРоль");
	
КонецПроцедуры