Все зависит от уровня вмешательства в стандартную конфу. Дополнительные объекты, не затрагивающие код и структуру стандартных "обновляемость" не затрудняет. Если же необходимо менять структуру и алгоритмы обработки - разделите базы. Синхронизируется через OLE, xml или csv - зависит от объёмов и структуры. И да, учёт в "отчетной" базе обычно ведётся по синтетике, так что со справочниками проблем не возникает.