Андрей Николаев

Давайте разберем чуть подробнее ваш фрагмент кода и представим гипотетическую ситуацию: у вас на сайте создана 1 отгрузка, а после обмена из вашей системы прилетает 2 новые отгрузки, вместо 1 существовавшей.

Начнем с того что в:

// создаём отгрузки
$shipmentCollection = $orderBx->getShipmentCollection();

Вы получаете коллекцию отгрузок. Коллекция отгрузок представляет из себя набор, состоящий из системной отгрузки + созданных системой или пользователем.
При обработке существующего заказа с одной отгрузкой вам вернется коллекция (объект) с содержимым в 2 отгрузки: системная + ваша.

Далее, вы производите итерацию по пришедшим отгрузкам

foreach (importJson['Shipments'] as $importOrderShipment)

Т.е. получается вам пришло 2 отгрузки и соответственно вы 2 раза зайдете в ваш цикл.

Фрагмент:
$shipment = $shipmentCollection->createItem();
Создаст еще одну отгрузку. Иными словами после выполнения фрагмента в коллекции отгрузок у вас будет уже 4 отгрузки: системная, исходная (которая была на сайте), а так же две новых отгрузки, которые вы создали при итерировании по импортируемым отгрузкам.

В данном случае у вас есть несколько вариантов развития событий:
1) Вы можете очищать коллекцию отгрузок и создавать новые. Событий на изменение заказа у вас будет большое количество, но тем не менее это даст вам больше прозрачности в вашем процессе (не говоря уже о простоте реализации).

2) Добавить маркер и по нему обновлять существующие отгрузки - менять стоимость тип и т.п.
Это будет сложнее, но при этом чище с точки зрения событий в системе.

P.S. И насколько я помню, цена доставки PRICE_DELIVERY из order это вроде как сумма PRICE_DELIVERY (?CUSTOM_PRICE_DELIVERY) из всех не системных отгрузок, так что задавать его бесполезно.

Как-то можно используя возможности D7 извлечь допданные сразу, в том же запросе, где извлекаются данные по локациям?

Используя runtime-секцию, ты можешь обьявить вычисляемое поле типа reference и вытаскивать данные, но неизвестно как себя поведет при этом запрос (могут появиться дубли).

Будет нечто выглядящее так:

$res = \Bitrix\Sale\Location\LocationTable::getList([
	'filter' => [
		'=ID' => intval($id),
		'=CHILDREN.NAME.LANGUAGE_ID' => 'ru',
	],
	'select' => [
		'_ID' => 'CHILDREN.ID',
		'CODE' => 'CHILDREN.CODE',
		'DEPTH_LEVEL' => 'CHILDREN.DEPTH_LEVEL',
		'LATITUDE' => 'CHILDREN.LATITUDE',
		'LONGITUDE' => 'CHILDREN.LONGITUDE',
		'NAME_RU' => 'CHILDREN.NAME.NAME',
		'TYPE_CODE' => 'CHILDREN.TYPE.CODE',

		'UF_XML_ID' => 'LOCODES.UF_XML_ID',
		'UF_LOCATION_ID' => 'LOCODES.UF_LOCATION_ID',
	],
	'runtime' => [
		new \Bitrix\Main\Entity\ReferenceField(
			'LOCODES',
			$this->locodes_data_class,
			['=this.ID' => 'ref.UF_LOCATION_ID'],
			['join_type' => 'LEFT']
		)
	],
	'order' => [
		'CHILDREN.NAME.NAME' => 'ASC'
	]
]);

Но ведь почему-то разработчики Битрикса решили от него отказаться?

Они не "решили отказаться", они его архитектурно еще не сделали. Элементы инфоблоков это не только запись в таблице это еще и свойства, которые могут хранится в двух вариантах, так что это вовсе не так просто.

Выходит нужно использовать старый CIBlockElement::Add() без вариантов?

Если хотите атомарно и без нарушений логики - да.
По факту, если у вас простая запись, т.е. без свойств, то можно подглядеть что он делает и выполнить по аналогии. Будет в целом почти равнозначно для импорта.

Есть какой-то аналог Batch Processing от Doctrine?

Аналогов нет, но и операция не такая уж частая. Есть потребность в таких объемах - обычно либо это сторонние каталоги (цены, наличие, свойства и т.п.) и тут без CIblockElement::add не обойтись, либо своя таблица (а там уже что хочешь, хоть sql)

Проблему в целом можно решить перенеся CSS в основной файл, но не хотелось бы в лишний раз нагружать основной CSS. Есть какие-то способы как это можно исправить?

Конечно есть!
Вы можете создать свой css файл для нишевого отображения и в result_modifier.php подключать его к стилям страницы через тот же addCss.
Получается что вы в одном месте его правите, а во всех остальных он меняется автоматически.

Что касается:

Собственно именно этот CSS и отваливается.

Так как вносили изменения через публичную часть, возможно изменения были внесены не совсем туда, куда хотели. Проверьте пожалуйста чтобы он был добавлен в нужный css файл нужного шаблона и что именно он подключается на странице

Попробуйте через CMain::GetViewContent

1) В $arEventField не нужно указывать ключ FILE, он сам будет задан из 6 параметра метода CEvent::Send
2) \CFile::MakeFileArray вовсе не нужно делать. На последнем битриксе это делают за вас.

Т.е. в вашем случае код должен выглядеть как-то так:

$fileName = $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/temp/".$MGR_ID.'_'.date("dmYHi").'.xlsx';

$files = [
	$fileName
];

$arEventField = [
	"EMAIL_TO"  => $USER->GetEmail(),
	"USER_NAME" => $USER->GetFullName(),
];

if ( \CEvent::Send("MGR_INFORMER", "s1", $arEventField, "Y", '', $files ) )
{
	@unlink($fileName);
}

Если после проделанного файлов все же прикрепляется 2, то необходимо:
1) Проверить шаблон MGR_INFORMER возможно в самом шаблоне прописана вставка файла. Если файл вставлен в тело письма, то он может быть продублирован 2 раза.
2) Проверить события OnBeforeEventAdd модуля main. Возможно там есть дублирование файла.
3) Проверить функцию custom_mail (если таковая существует). Возможно дополнительно работа с файлами находится там.

Это bitrix:menu с шаблоном top_horizontal, расположен в header.php (выше него стоит область: above_pagetitle)