Для отслеживания изменений в локальных файлах используйте git и bitbucket.
Для загрузки на ftp только измененных файлов используйте PHPloy. Это библиотека на php, которая сверяет версию локальных файлов и удаленных файлов и загружает по ftp только нужные.
Ваш рабочий процесс будет выглядеть так:
На компьютере 1 вносите изменения в локальные файлы, фиксируете изменения (git commit) и отправляете на bitbucket (git push). Запускаете PHPloy для загрузки ваших изменений на ftp-сервер (phploy).
На компьютере 2 получаете изменения из bitbucket (git pull) и дальше работаете как в пункте 1.
Такая схема исключает возможность ручной правки файлов на сервере. Все изменения нужно вносить только через git.
Преимущества такой схемы:
Всегда имеете последнюю версию кода в центральном репозитории на bitbucket. Туда не попадут вирусы в случае взлома ftp или cms.
Заливаете все изменения на ftp одной командой без необходимости помнить, какие файлы вы меняли.
Легко можете откатить код к предыдущей версии на ftp простым запуском phploy --rollback.
Боюсь показаться банальным, но apt-get install nginx, при обновлении через менеджер пакетов, задается вопрос, переписать конфиг или нет. Ну и, для надежности, сделать бэкап конфигов перед обновлением.