Тренироваться лучше на тестовых с фреймворками, база подходов у них одинаковая, начав понимать архитектуру фреймворков намного легче идти дальше или писать на цмс нормальный код (цмс сами по себе не плохие, просто никто не ставит себе цель писать на них долгоживущие и поддерживаемые проекты). Параллельно нужно подтягивать знания грамотного ООП
Скорость работы сайта не зависит от дистрибутива. Она зависит от версии php, от правильной настройки вебсервера, от наличия кеша, от правильности написания кода, от железа, но от дистрибутива в последнюю и не решающую очередь.
xdebug+phpstorm (или другая ide, но со штормом лучше). Один раз надо отмучаться и разобраться, дальше будет легче. В качестве API клиента - Postman (там можно настроить, чтобы запрос из него активировал xdebug)
Надергайте данные из инпутов и спанов через javascript и передайте данные на бекенд ajax'ом. На бекенде нужны голые данные, не важно, откуда они с фронтенда взяты.
Redbean это ORM, и она тоже использует драйвер PDO для работы с MySQL, который включен по умолчанию.
Composer используется для всех современных библиотек, если есть проблемы с глобальной установкой, можно скачать phar архив и установить его в проект локально. Драйвер для MongoDB тоже нужен)
Есть популярное решение BrowserMob Proxy. Для php решений мало, самая свежая обертка для него - RapidSpike/php-browsermob-proxy. Документации нет, можно посмотреть код тестов внутри пакета или искать примеры кода на джаве/джаваскрипте, чтобы уловить идею и сделать у себя похоже)
Делить юзеров на 4 таблицы это неправильно (и с точки зрения проектирования базы, и с точки зрения поддержки). Основные свойства юзеров можно хранить в одной таблице, а дополнительные свойства - в другой, с привязкой по юзер айди к первой.