Геннадий

Но что будет с бэкапами? Я так понимаю если файлы были дедуплицированы, то и в бэкапе они будут в том же состоянии?

Неправильно. Если делать бэкап средствами windows, то они попадут в бэкап в нормальном состоянии.
А если вы к примеру попоробуете подмонтировать этот диск к другой системе и прочитать - вы просто их не прочитаете.

стоит ли включать дедупликацию на диске с архивами?

Ну это сильно зависит от того как вы архивируете.
Если вы пишите в архив данные полностью, тогда конечно стоит.
А если у вас в архив пишутся только изменения данных, то там нечего дедуплицировать будет.

Дедупликацию стоит использовать там где хранится много однотипных данных.
Технология стабильна и безопасна.
Дедуплицированный диск прекрасно прочитается на другой машине с server 2012 если там тоже включить службу дедупликации.
Ну и стоит помнить такую вещь - дедупликация это в первую очередь очень сильная фрагментация данных.
Поэтому если у вас на hdd лежат данные к которым нужен быстрый доступ, то это не самое лучшее решение.
Если диск ssd, то там фрагментация роли не играет, поэтому можно так делать.

Я файловый вариант рассматриваю в основном только для локальной однопользовательской работы. За счёт табличной блокировки работа (активная) даже 5-ти пользователей в такой базе уже может превратиться в муку. Но надо отдать должное, в некоторых (но далеко не всех) случаях файловая работает быстрее.
А в серверных, кроме нормально-многопользовательской работы, есть и другие плюшки -- централизованное администрирование, бэкапирование, работа фоновых и регламентных заданий на стороне сервера.
Так что я за SQL.

Больше 10 активных юзеров - скуль, однозначно. Меньше, либо малоактивные - надо смотреть.
+ SQL это безопасность - защита от кражи базы.
Если есть лицензия на сервер 1с и в sql варианте не тормозит - переводите в клиент-серверный. Если тормозит - ищите узкое место (подсказка - gilev) и расширяйте.

И есть несколько баз в которых работает много людей (в одной 60 человек и еще в одной 20)

- эти на скуль однозначно, иначе блокировки замучают, в файловом работать практически невозможно.

Есть около 60-ти баз 1с.
Есть около 80 пользователей.
Каждый пользователь работает с 2-4 базами (одновременно).

а вот эти можно и в файловом варианте оставить, будут пошустрее работать, чем на скуле, хотя можно и на SQL, большой разницы нет, хотя очень возрастут требования к серверу SQL, поэтому думаю все таки файловый предпочтительней.