Пользуюсь и тем и другим, ну вернее как пользуюсь, в EVE захожу на уже готовые проекты что бы протестить что-то. а если надо строить новые то только в GNS3, если перенести проекты с EVE в GNS3 то ивку можно удалять, опять же это моё мнение и оно может отличаться от других
GNS3 - лучше. ИМХО