gaelpa

Сериализуйте объекты в инициализированном состоянии и только восстонавливайте их при каждом запросе.
Подключения к базам и прочее, делайте по мэджик методу __wakeup (или __set_state если используете var_export).
Причем большинство "подключений к базе" не потребует дополнительной работы за счет сохранения состояния между запросами на уровне расширения.
Ну и не забудьте сделать профилирование, а то может спички оптимизируете на самом деле.

Можно почитать man find.

Включите временно логи доступа и твитните статью сами.
Может твиттер пытается сделать превьюшку ссылки и нечаянно наступает на какую-то вашу «ахиллесову пяту» вроде циклического редиректа или чего-то подобного. Логи должны пролить свет на что именно.

chroot это chroot и к правам доступа отношения не имеет. Равно как и chdir (это cd в шелле).
Вас интересуют параметры user = и group = и установка соответствующих прав на папки в которые собираетесь писать.

Мало информации.
Посмотрите логи php-fpm,
включите логи nginx, какие там ошибки,
посмотрите какие процессы находятся в состоянии D в выводе «ps axfu», какая вообще загрузка и какими процессами,
посмотрите, нет ли у вас стопки выполняющихся запросов в mysql (предположил по-умолчанию).

Навскидку, возможно это переполнение пула php-fpm вызванное заторами в скриптах (может тяжелые запросы к базам или даже ошибка базы).

Вам нужен индекс.
Т.е. вынести «ключевое» поле в индекс массива. Если ключевое поле не одно — сериализовать.
т.е.

$dataToGo=[]; foreach($data as $entry) $dataToGo['$entry['key']]=$entry; 

Если возможны дубликаты, то чуток помудрить.

А каким образом вы получаете эти данные? Может их сразу можно получить в таком виде?

Написать разработчикам этого магазина вопрос «Что вы ЭТИМ имели в виду??» вероятно найдется и скрипт, выдающий ответ в нормальном виде, уж больно сильно этот смахивает на отладочный интерфейс.

Если я правильно представляю картину о текущем положении дел, то перенос на условный MVC фреймворк можно делать поэтапно.
1. а) добавить стандартное тело index.php фреймворка в условный else вашего индекса (если не выбран нужный модуль) — так можно будет переносить модули по одному
1.б) вынести лейаут из индекса или подключаемых к индексу блоков в места, предусмотренные фреймворком
2. по одному переносить подключаемые модули _полностью_ (вместе с логикой) во вьюхи, параллельно прописывая маршруты и удаляя записи об этих модулях из «исторического» маршрутизатора
3. после переноса всех модулей во вьюхи, начать разделение на модель/контроллер/вьюха для отдельных модулей

Новые компоненты реализовывать в рамках фреймворка, соответственно.
При такой схеме, можно затянуть процесс миграции на сколько угодно времени без потери работоспособности сайта и получить в итоге нормальную структуру.

«Отбалды» парсинг конфигов в «стандартном» для никсов формате, без отсекания возможных кавычек.
$lines=explode("\n",file_get_contents('file.conf')); $params=array(); foreach ($lines as $line) { $line=trim($line); if (strpos($line,'#')===0) continue; $pair=explode('=',$line,2); $params[trim($pair[0])]=trim($pair[1]); }

5.3+

uksort($arr,function($a,$b){ return $b['count'] - $a['count'];})

5.2- то же самое, но функцию вынести отдельно.

Как различить функция в переменной или строка, если в ней находится и функция и строка?
Очевидно, же, что в такой постановке никак вообще. Добавляйте логику более высокого уровня, например рассматривайте функцией только обертку в class MyCallable{__construct($callable)}.

Смотрели нагрузку на базу в момент неудавшихся вставок?
Если хотите, чтобы действительно вставлялось, то добавляйте опцию safe:true.

Если класс — синглтон, то и параметры его глобальны в рамках приложения или сеанса.
1. Может пусть он сам выясняет свою конфигурацию из внешнего источника?
2. Сделать метод/класс-обертку, собирающую (сама) параметры и передающую их в конструктор не-синглтона, после чего возвращающую тот же инстанс. Обертка на уровне приложения, так что инкапсуляция не страдает.

Использовать деплой по SSH в PhpStorm?

php -i | grep -Po '\--target=.+?\s'

Не пробовали смотреть в сурцах зендовского парсера пхп?
Может там найдется более точный ответ.

PHP на apache_mod_php или FastCGI?
Для первого случая: proxy_set_header придет в $_SERVER['HTTP_*']
Для второго fastcgi_param придет по-идее куда-то туда же, сам не проверял.