У меня была проблема, при попытке залить файл, среда выдавала «Failed to change timestamp of the file...». В процессе поиска решения нашел, что proftpd не поддерживает MDTM. Как я понял, решением проблемы должно было стать отключение опции «Preserve files timestamps» в настройках среды (Deployment-Options). Теперь сообщения нет, пишет, что файлы успешно заливаются, но измененные файлы не обновляются. Открываю test.php, изменяю в нем пару строк, заливаю — запускаю на сервере — а там старая версия.