На этом фрагменте строки:
=> '{type' =>
у вас должно закрасться подозрение, что нужно собирать вложенный объект как-то по другому, а именно:
$taskList[] = array( // старый способ объявления массива, можно [, но не суть
'type' => 'Feature',
'id' => $row->id,
'geometry' => // в json-е встретилась фигурная скобка (свойство-объект) - повторяю ее открытие в своей конструкции
[ // это хоть и объявление массива, но в определенном режиме в JSON конвертнется в объект, так как имена свойств ассоциативные
'type' => 'Point',
'coordinates' =>
[ // а тут массив останется массивом, так как о ключах ни слова (они по индексу)
$row->coordinates,
$row->coordinates2
] // конец свойства coordinates
] // конец свойства geometry
);
