foxlye

if (index == -1 || run > 1)

<?

Лицензией, как и всегда. Неужели вы думаете, что какие-то там кувырки с кодом защитят его от взлома? Если да, то смотрите в строну риалтайм онлайн сервера подтверждения, как в онлайн играх.

Обфускацией, не идеально, но усложняет анализ кода. В комплекте со студией есть Dotfuscator, в бесплатной версии он довольно скромный, платная более адекватная. А вообще можно почитать это:
https://habr.com/ru/post/97062/

SaaS

Не могу снять чек «Только чтение». Как исправить?

Стандартно - убираете атрибут и все.attrib -r D:\прочее Что именно у вас не получается?

Читал разные ответы на форумах, говорят что тип не влияет на работу файлов.

Совершенно верно - не влияют.
Файлы это именованная область данных. Работать она не может, поэтому повлиять на ее работу невозможно в принципе.

Сделайтесь владельцем файла.

Посмотрите метод System.IO.Directory.GetParent();

string root = @"C:\Temp\Mahesh";
DirectoryInfo di = new DirectoryInfo(root);
Console.WriteLine(di.Parent.FullName);

Объявите
Thread UpdateThread;
В любом модуле. А инициализацию
UpdateThread = new Thread(CheckUpdate);
Проведите там, где это нужно.

Если весь этот код написан в обработке изменения состояния галочки, то проблема очевидна: у вас всегда создаётся новая форма.
Ссылку на открытую и показанную форму нужно сохранить вне метода, и её прятать.

Создаёте проект WinForms, удаляете главную форму (Form1.cs), открываете program.cs, удаляете всё из метода Main и пишете туда свой код, как минимум бесконечный цикл:

public static void  Main()
{
  while(true)
  {
    Thread.Sleep(100);
  }
}

Такое приложение будет висеть в диспетчере задач, но у него не будет окон.
Для его создания просто нужно выполнить Process.Start("путь к exe");