Чем нынче можно защищать код от декомпилирования, различных деббагеров, к примеру dnSPY.
Можно ли при этом обфусцировать код, и чем лучше всего это сделать ?
От школоты и ConfuserX (лучше како то мод или с самостоятельными правками) в большинстве случаев достаточно будет, а от тех кто с руками, общедоступными средствами почти бесполезно или писать самому...
Лицензией, как и всегда. Неужели вы думаете, что какие-то там кувырки с кодом защитят его от взлома? Если да, то смотрите в строну риалтайм онлайн сервера подтверждения, как в онлайн играх.
Обфускацией, не идеально, но усложняет анализ кода. В комплекте со студией есть Dotfuscator, в бесплатной версии он довольно скромный, платная более адекватная. А вообще можно почитать это: https://habr.com/ru/post/97062/