4000 или 4.000.000 статей?
Ставить можно и то, и другое.
Яндекс сервер капризнее в настройках и тяжелее с документацией. Год назад были проблемы с кодировкой при индексации через mysql, как то удалось обойти.
Но есть и свои бонусы, в частности готовая выдача с подсветкой. Для небольшого числа документов яндекс пожалуй удобен. Главное отличие — яндекс при поиске избавляет вас от доп. доступа к базе документов.

Сфинкс существенно проще поднимается, с документацией нет проблем (в наличии живой форум) и гибче в настройках.
Для действительно больших баз сфинкс даст сто очков вперед яндексу за счет возможности хранить большую часть базы на винте ( у яндекса были проблемы ).
недостаток сфинкса в необходимости лазить в базу sql ручками при поиске (в последней бетке появилась возможность хранить выборку в базе сфинкса, но на то она и бетка, чтобы быть неудобной. на маленьких базах юзабельно, на больших — тормозит).

Из живых примеров: на базе порядков сотен миллионов записей был выбран сфинкс. Яндекс тупо не смог выжить на одной машине (не нашел у него режима, позволяющего минимизировать объем памяти).