Попробуйте server 2 server режим
https://hostadvice.com/how-to/how-to-use-ftp-to-tr...
По идее там права копируются , если не выйдет то придется действовать в 3 этапа:
копирование с сервера на сервер
баш скрипт для рекурсивного обхода и сохранения путей и прав
баш скрипт для рекурсивного обхода и назначения прав на файлы
формат файла с правами такой
"relativepath/dir/subdir/filename.xxx","666"
где первая часть это путь относительно папки, а вторая собственно права
в общем это реализуется командами dir chmod в ftp сеансе