По первому пункту:
1. Попробуйте отключить для пробы iptables
2. Машина физическая или виртуальная и стоит ли за управляемыми l2/l3 маршрутизаторами?
3. Сравните размер tcp_window в пакетах на linux и windows. У меня на работе была такая ситуация:
2 провайдера, на нашей стороне cisco, на их juniper'ы. На vpn-туннеле скорость туннеля (iperf) упала вдвое. Выяснилось, что проблема была в уменьшенном размере tcp-окна на стороне провайдера
По второму:
Первый ответ Яндекса:
www.linuxquestions.org/questions/linux-software-2/...