Да, разделяйте, это нормально. Таким образом, разделите нагрузку между веб-сайтом и CRM. Главное грамотно сделайте.
(Надеюсь там просто статичный сайт без связи с вашей CRM, а то вдруг есть админка с редактированием контента, виджетами из CRM и пр, тогда вы упретесь в отдельный проект для основного сайта, со своей админкой, пользователем, интеграцией с CRM - а это доп расходы)